Василек шероховатый проявляет мочегонные, желчегонные, противовоспалительные и обезболивающие свойства. А также легкие успокаивающие, спазмолитические и противосудорожные.

Спиртовая настойка на 70% спирте имеет доказанную гепатопротекторную активность. Его настои применяют при желтухе, гепатитах. Василек очень эффективен при аллергии и зудящих дерматозах, сыпях, экссудативном диатезе.

Применяется как внутрь, так и наружно в виде ванн и компрессов. Проявляет ранозаживляющую активность. Его назначают как дополнение к лечению эпилепсии, при головных болях, мигренях и болях в пояснице. Широко применяется при хронических простатитах, аднекситах, эндометритах.