У ромашки пахучей есть противовоспалительное, спазмолитическое и ветрогонное действие, которое особенно ярко проявляется при лечении гастритов, колитов, язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки, метеоризме. Также она обладает и мягким успокаивающим свойством.

Российская фармакопея допускает замену ромашки аптечной ромашкой пахучей, так как она у них схожие полезные свойства, но отмечая. Что все они выражены заметно слабее.
Потому что в ромашке пахучей нет хамазулена, который есть в ромашки аптечной. Именно он обеспечивает выраженное бактерицидное и противовоспалительное действие.

Наружно применяется в виде компрессов, промываний и ванночек, в виде клизм.